学院下设金融系、经济系、管理工程系、工商管理系四个系。成立之初，共开设金融工程、经济学、国际经济与贸易、国际商务、物流管理、电子商务、工商管理、市场营销、旅游管理等9个本科专业，2018年新增金融学、互联网金融等2个专业。学院先后开办了“2+2”中美联合培养项目（金融工程、国际商务）、“3+1+1”中日联合培养项目（电子商务、物流管理）等国际合作项目。2020年新增大数据管理与应用、数字经济两个专业。2022年，我院正式与美国内布拉斯加大学卡尼尔校区开展合作开设中美联合培养121项目（金融学）。

学院现有国家级一流本科专业建设点1个（电子商务）、教育部新文科建设试点专业1个（物流管理）、省级一流本科建设点3个（经济学、电子商务、物流管理）、省级特色重点学科1个（电子商务）、省级综合试点改革专业1个（经济学）、省级特色专业1个（经济学）、省人才培养模式创新实验区1个（物流管理）、校级重点专业2个（经济学、工商管理）以及校级特色专业2个（旅游管理、物流管理）。其中，学院电子商务、经济学、国际经济与贸易、旅游管理、金融工程、国际商务、金融学、物流管理、工商管理、市场营销、互联网金融、数字经济、大数据应用与管理等13个专业在全国应用型大学本科专业中全部处于顶尖或一流水平。目前，广州南方学院正处于品牌提升和提质发展的“上水平”关键时期，商学院将不断深化教育教学改革，扎实推进学科建设，继续以锐意革新的决心、创新发展的理念、求真务实的作风努力前行。

2019年，我院金融工程专业正式通过CFA（特许金融分析师）协会专业认证， 与剑桥大学、牛津大学、清华大学、北京大学等世界著名高校同属于CFA协会全球大学联盟专业，成为国内唯一一个获得该项权威认证的独立学院专业。